Они боялись попасть на каменистые места, поэтому бросили... якоря и ожидали утра

увидев, глубина становится все меньше (стих 28), они решили не рисковать, и подождать, когда рассветет, чтобы видеть, куда плывет корабль.

с кормы

"с кормы корабля". Корма - задняя часть корабля.